Facturation électronique obligatoire : les agriculteurs dénoncent une nouvelle usine à gaz

« On n’est pas là pour faire le travail de Bercy !  » Pour Marie-Laurence Grzeskowiak, exploitante céréalière au Burgaud, dans le nord de la Haute-Garonne, et trésorière de la FDSEA31, la généralisation de la facturation électronique ne fait pas vraiment partie des bonnes nouvelles attendues par le monde agricole. À quelques semaines de l’entrée en vigueur du premier volet de la réforme, son constat est sans détour : « Ce n’est pas fait pour simplifier la vie de qui que ce soit. »

À partir du 1er septembre 2026, toutes les entreprises assujetties à la TVA en France devront être en mesure de recevoir des factures au format électronique, quelle que soit leur taille. Dans un premier temps, seules les grandes entreprises et celles de taille intermédiaire devront également les émettre sous cette forme et transmettre leurs données de transaction à l’administration. Les TPE et PME, elles, entreront dans la danse à compter du 1er septembre 2027, avec l’obligation d’émettre des factures électroniques et de transmettre leurs données de paiement.

Un calendrier en deux temps qui laisse encore beaucoup d’entrepreneurs au bord du chemin. En avril 2026, près de 80 % des chefs d’entreprise n’étaient ainsi pas équipés pour répondre aux exigences de la réforme, selon une étude Qonto-OpinionWay. Plus parlant encore, 37 % déclaraient avoir entendu parler de la réforme sans en comprendre les implications concrètes et 24 % n’en avaient tout simplement pas connaissance.

Une réforme fiscale avant tout ?

Sur le papier, la promesse est pourtant séduisante. Dématérialiser les factures doit permettre de simplifier leur gestion, de limiter les erreurs et de fluidifier les relations entre clients et fournisseurs. Le gouvernement met également en avant des gains de productivité, grâce à une réduction du temps consacré au traitement des factures, ainsi qu’une amélioration de la trésorerie liée à un meilleur respect des délais de paiement.

Pour la Direction générale des finances publiques, l’intérêt est tout aussi évident : disposer d’une meilleure visibilité sur les flux fiscaux et pouvoir cibler davantage les contrôles. C’est précisément là que le bât blesse pour Marie-Laurence Grzeskowiak. « Le but, c’est très clairement de mieux contrôler la TVA », estime-t-elle, notamment après les dépenses engagées par l’État dans le cadre du « quoi qu’il en coûte post-Covid ».

Un sentiment que partage Cédric Pouget, éleveur bovin installé à Luc-la-Primaube, dans l’Aveyron, et trésorier adjoint national de la Coordination rurale. S’il reconnaît que l’intention de faciliter les échanges entre fournisseurs et clients peut être pertinente, il s’interroge sur la finalité réelle du dispositif. Sur le terrain, explique-t-il, la réforme est parfois perçue comme « un outil de flicage », destiné à renforcer le contrôle fiscal et à détecter les fraudes. Avec le sentiment, chez certains chefs d’exploitation, d’être traités « comme des délinquants ».

Car l’outil numérique ne fait pas disparaître les règles auxquelles sont confrontés les agriculteurs. Et dans les exploitations, la TVA peut rapidement devenir un casse-tête. « On a plusieurs taux : 2,1 %, 5,5 %, 10 %, 20 %... sans oublier la contribution volontaire obligatoire (CVO) ou encore l’entraide agricole totalement exonérée de TVA », détaille l’exploitante. Le passage au numérique ne modifie en rien cette architecture. « Ça va être un sacré bordel », tranche-t-elle.

Une contrainte de plus

Le changement risque surtout de se traduire par une succession de manipulations supplémentaires. Jusqu’à présent, l’agriculteur peut notamment transmettre ses factures à sa coopérative avec souvent la mise en place d’un système de compensation. Demain, le processus sera davantage séquencé : dépôt de la facture sur une plateforme, récupération par la coopérative, puis retour de l’exploitant sur cette même plateforme pour signaler que la facture a été payée.

Une formalité de plus, mais aussi une nouvelle habitude à prendre. Et potentiellement un coût. Les plateformes peuvent être gratuites dans la limite d’un certain nombre de factures, avant de devenir payantes. À cela pourraient s’ajouter les hausses de tarifs des experts-comptables appelés à prendre en charge ce nouveau service.

Pour un secteur qui consacre déjà une part importante de son temps à l’administratif, l’équation est difficile à résoudre. Les agriculteurs consacrent en moyenne 9 à 15 heures par semaine aux tâches administratives, soit près de 15 % de leur temps de travail global. Plus de 38 % déclarent même dépasser les 8 à 10 heures hebdomadaires uniquement pour la gestion des dossiers et des normes. Registres phytosanitaires, traçabilité des cultures, comptabilité, relations bancaires, obligations environnementales... la liste est déjà longue.

Pour Cédric Pouget, cette accumulation n’est pas sans conséquences. Dans son centre de gestion agricole, il rapporte ainsi plusieurs retours d’adhérents, notamment âgés de plus de 60 ans, qui envisagent désormais d’arrêter leur activité. Pour certains, cette réforme pourrait être « la goutte d’eau qui fera déborder le vase ». Et d’ajouter que les deux ans prévus pour sa mise en place lui paraissent illusoires, elle s’étalera sur plusieurs années, selon lui.

« Laisser les agriculteurs travailler »

Tristan Fava d’Albert, céréalier à Muret et co-président des JA 31, ne dit pas autre chose. À ses yeux, l’argument de la simplification ne passe pas. « Rien de merveilleux » dans cette réforme, déclare-t-il, qui constitue avant tout « une obligation administrative en plus ». L’agriculteur pointe notamment la multiplication des interfaces numériques. Aux plateformes consacrées aux impôts ou encore à la PAC viendra s’ajouter celle dédiée à la facturation électronique. Une « suradministration » jugée « catastrophique ».

Le risque, selon lui, est de voir les tâches de bureau grignoter toujours davantage le temps consacré au métier. « Bientôt, ça pourrait représenter un travail à temps plein ! ». Avec une conséquence très concrète : éloigner encore davantage les exploitants de leur activité.

La situation est d’autant plus sensible que la profession réclame depuis plusieurs années un allègement des tâches administratives. Lors des mobilisations agricoles de 2023, 2024 et 2025, cette revendication figurait systématiquement en bonne place. En janvier 2024, à Toulouse, alors que plus de 400 tracteurs et quelque 2 000 agriculteurs venus de toute la région convergeaient vers le centre-ville, une productrice de volailles et viticultrice du Gers résumait ainsi l’exaspération ambiante : « Dans une autre vie, j’étais secrétaire commerciale et pourtant je n’ai jamais autant rempli de papier que maintenant ! »

Remettre l’humain au centre

Au-delà de la facture elle-même, c’est donc la capacité des exploitants à apprivoiser un nouvel environnement numérique qui inquiète. « Le cœur de métier, c’est la nature, pas l’ordinateur », rappelle Marie-Laurence Grzeskowiak. Les plateformes sont jugées peu intuitives par les agriculteurs qui ne les utilisent pas quotidiennement. Multiplication des options, interfaces complexes, fonctionnalités difficiles à identifier... pour certains exploitants, notamment ceux proches de la retraite, la marche pourrait être trop haute.

Pour Cédric Pouget, l’une des pistes à creuser réside dans une plus grande mutualisation. L’intéressé plaide ainsi pour la création de « groupements d’employeurs », qui permettraient à plusieurs agriculteurs de recruter ensemble des assistantes administratives. « Cela permettrait notamment aux exploitations de taille modeste de mutualiser les coûts et les ressources », tout en les déchargeant d’une partie du travail de bureau.

C’est aussi dans cette logique que Marie-Laurence Grzeskowiak appelle à « remettre de l’humain dans tout ça ». La FDSEA31 réfléchit d’ailleurs à la création d’un service d’accompagnement administratif, qui pourrait répondre à cette réforme mais aussi à d’autres dispositifs devenus difficiles à maîtriser.

Au fond, la critique dépasse la seule facturation électronique : c’est l’accumulation des contraintes administratives et le temps qu’elles soustraient au travail de terrain qui exaspèrent. « Laissez-nous travailler », résume Tristan Fava d’Albert, qui dénonce une nouvelle « ingérence » contre-productive et surtout hypocrite alors que le pays « laisse par exemple entrer sur son territoire des produits importés qui ne respectent pas les mêmes normes auxquelles nous sommes assujettis ».