Arrêts de travail : ce qui change à partir de septembre 2026

Selon les chiffres du gouvernement, le nombre d’arrêts de travail a augmenté de 10 % entre 2019 et 2024 (dernière année disponible), pour atteindre 9,1 millions d’arrêts indemnisés par l’Assurance maladie pour le risque maladie ou accidents du travail et maladies professionnelles (AT-MP).

Une progression qui masque cependant des évolutions différentes selon le risque, les arrêts maladie ayant augmenté de 12 %, quand les arrêts liés à un AT-MP ont diminué de 5 % entre 2019 et 2024. Dans les deux cas toutefois, la durée des arrêts s’allonge, le nombre des ceux de trois mois et plus augmentant de 1,4 pt depuis 2019.

L’augmentation des arrêts de travail et de leur durée ont un impact significatif sur les entreprises et sur les finances publiques. Les dépenses d’indemnités journalières se sont élevés à 18 Md€ en 2025, en hausse de 45 % depuis 2019. À cette dépense s’ajoute celle liée aux absences pour raison de santé dans les trois versants de la fonction publique, dont le coût avait été estimé à plus de 15 Md€ en 2022 par les inspections générales des finances et des affaires sociales.

Afin de freiner cette inflation, la loi de financement de la sécurité sociale pour 2026 a prévu d’encadrer la durée des arrêts de travail maladie à compter du 1er septembre 2026 (Décrets du 12 juin 2026 2026-498, 2026-499, 2026-501). Jusqu’à présent, les professionnels de santé (médecin, chirurgien-dentiste, sage-femme) décident librement de la durée des arrêts de travail pour maladie qu’ils prescrivent.

Les arrêts de travail limités à 31 jours

Or, les durées d’arrêts prescrits qui ne correspondent pas toujours aux durées recommandées par la Haute Autorité de santé (HAS). Ainsi, 71 % des jours prescrits pour une lombalgie commune le sont au-delà de la durée indicative recommandée de 5 jours. En matière de sciatique, ils sont 13 % à dépasser la durée de 35 jours recommandée. 57 % des jours prescrits pour des troubles anxio-dépressifs mineurs le sont au-delà de la durée recommandée de 14 jours.

À compter de septembre 2026, la durée des arrêts maladie sera donc plafonnée. Les professionnels de santé doivent désormais mentionner sur leurs prescriptions la durée des arrêts de travail pour maladie ou accident non professionnel. Pour un arrêt de travail initial, sa durée ne peut pas excéder 31 jours pour une première prescription. La durée de la prolongation d’un arrêt de travail est plafonnée à 62 jours.

Le professionnel qui a prescrit l’arrêt de travail initial ou sa prolongation peut déroger aux plafonds s’il justifie de la nécessité d’une durée plus longue considération de la situation du patient et des recommandations de la HAS. Pour tout renouvellement d’arrêt de travail d’une durée supérieure à trois mois, le professionnel peut solliciter l’avis du service du contrôle médical.

Les indemnités journalières désormais encadrées

La loi de financement de la sécurité sociale a également prévu d’encadrer à compter du 1er janvier 2027 la durée de versement des indemnités journalières d’accidents du travail ou de maladie professionnelle. A compter de janvier 2027, la durée de versement des indemnités journalières versées en cas d’incapacité temporaire de travail consécutive à un accident du travail ou une maladie professionnelle est limitée à quatre ans. À l’issue des quatre ans, l’incapacité est réputée permanente et l’assuré perçoit une rente ou une indemnité en capital fixée selon son taux d’incapacité

Par ailleurs, la loi relative à la lutte contre les fraudes sociales et fiscales n° 2026-534 du 25 juin 2026 encadre les arrêts de travail prescrits par téléconsultation. Depuis le 26 juin 2026, il est interdit aux médecins et sages-femmes de renouveler plus d’une fois un arrêt de travail par téléconsultation, sauf si le renouvellement est prescrit par le médecin traitant ou en cas d’impossibilité pour le patient de consulter un médecin en présentiel (cas des déserts médicaux).